Според преданията манастирът е основан през XVIII век с разрешение на турците. Местен турчин и фамилията му по-късно са се застъпвали за възстановяването му, запазвайки го дори от башибозуците след Априлското въстание, като са ги отправили към Панагюрище. Обителта е била действаща и цветуща до 1944 г., когато монасите били прогонени от тогавашната комунистическа власт, а сградите ѝ превърнати в обори. През тези мракобесни за вярващия християнин години оцелялата манастирска църква е отваряна само на храмовия празник – 14 октомври (Петковден).
Днес манастирът представлява комплекс от еднокорабна и едноапсидна черква и малка жилищна постройка.
От 2009 г. с трудната задача по възстановяването на Вакарелския манастир се е заела монахиня Агнеса, която е дошла тук от Чепинския манастир „Св. Три Светители”.
През последните години с помощта на монахинята и миряните обителта е облагородена, а духовният ѝ живот отново върнат. Но има нещо, което не е по силите на божията служителка – електрифицирането и водоснабдяването на манастира. За първото са нужни големи средства, за второто – на първо време може да бъде почистен старинният кладенец (изграден вероятно през времето на основаването на манастира), който комунистите, за да прогонят монасите, затрупали с камъни. Докато това стане, ако някой посетител не донесе с туби вода, монахинята е принудена сама да носи от аязмото, което се намира на 100 м по вертикала по-ниско от манастира и отдалечено на около километър. За жената това е непосилен труд и трябва да ѝ се помогне. За всеотдайната си дейност за манастира сестра Агнеса е повишена в сан от монахина на игумения. Самата тя има големи планове, иска да поправи първо покрива на църквата, който е пострадал през зимата (2011/2012) от дебелия сняг, да прави също ограда, да прокара ток или да постави слънчеви батерии. За плановете ѝ трябват доста пари, но те не могат да дойдат от Митрополията, необходими са дарители и хора, които ще помогнат тези пари да отидат по предназначение. Нека да помогнем на тази жена, в богоугодните ѝ намерения да възроди Вакарелския манастир!
Освен гореописаното, за манастира и целия чуден район около него има друга голяма заплаха - да се отдаде районът за концесия за добив на инертни материали, които се използват за строеж на магистрали. А иначе цялата околност е една прекрасна туристическа дестинация. Тук е изворната област на река Ихтиманска, където растат едни от най-красивите дъбови гори, в които се срещат дървета столетници по над 500 години….. истински кът от рая, който трябва да опазим.
