Селото е споменато за първи път в писмен документ през 1706 година от французина Пол Лукас. В землището на селото е открит сребърен медал от Първите олимпийски игри в Атина през 1896 година. Според историци този медал принадлежи на местен жител. В миналото селото е било населено с българи християни и българи мюсюлмани. От 1879 до 1 януари 1895 година от Стойките са изселени две семейства с 10 жители-помаци в Източна Тракия.
През 1874 година е положен първият камък на църквата „Св. св. Апостоли Петър и Павел“ в Кайковска махала от Пловдивския митрополит Панарет. Априлското въстание и Освободителната война забавят строителството, но църквата е завършена и осветена от на 5 юни 1881 година. Заедно с църквата и параклисите са духовно средище за хората от селото. Обособяването на Стойките като отделна община е станало през 1878 година, за което свидетелства печатът на писмата до капитан Петко войвода и паметната (летописна) книга на общинския съвет в Широка лъка. Първият кмет е Стоян Торманов.
Личности
Манол Яръмов (Гугльо) е роден през 1879 г. и макар да е ходил само 4 – 5 г. на училище, той е бил касиер на Кооперация „Борика“
Кръстана Стоева – заслужил майстор на спорта – ски бягане
Сийка Каранлъкова – Майстор на спорта – ски бягане
Добринка Кашерова – Шампито – ски алпийски дисциплини
