Според едно предание първоначално селото е в местността Долня Равня, където имало 4 – 5 колиби, чиито жители са наричани „бедняците“. Добитъкът на тези колибари пасе сам, без пастири, на сегашното място на село Беден, където ливадите са по-добри. Обилната паша задържа добитъка, той не се прибира при стопаните си и тогава колибарите решават да се заселят на това място.
Съществуват няколко предания, които обясняват името на днешното село Беден. Първото гласи, че овчарят на селото е набеден, че откраднал мома от съседното село Лясково. Нещата стигат до съд. При разследването цялото село защитава своя съселянин, който в крайна сметка е оправдан. Оправдани са и беденци, но остават „набедени“ и оттам идва името на селото. Според друго предание беденци са наклеветени (т.е. „набедени“) от жителите на съседното село Брезе, че уж си присвоили част от тяхното землище. Въпреки че са оправдани от съда, името на селото останало Беден. Трето предание е, че селото носи името си от бедната каменлива и непроизводителна земя.
Беден е наследник на средновековната крепост Бядън, чиито останки се намират край селото и наричана от местното население Бадан. Бядън е спомената на гръцки като Μπέαδνος (Бяднос) от Йоан Кантакузин в средата на 14 век като една от деветте родопски крепости, предадени от императрица Анна Савойска на българския цар Иван Александър заради обещаната българска помощ във войната срещу Кантакузин.С името Бедян селото се споменава за пръв път в турски регистър от 1576 г. В документ от главното мюфтийство в Истанбул, изброяващ вакъфите в Княжество България, допринасяли в полза на ислямските религиозни, образователни и благотворителни институции в периода 16 век – 1920 г., съставен в периода от 15 септември 1920 г. до 3 септември 1921 г., като вакъфско село се споменава и Беден (Beden).През 1959 г. в селото е открит средновековен християнски некропол от XI – XII в., а в землището му – следи от светилище на тракийския Херос, от антично селище и некропол от IV в., както и останки от манастир, разрушен през XVII в.
